Ngày 23/10/2012, Chính phủ ban hành Nghị định số 87/2012/NĐ-CP quy định chi tiết một số điều của Luật Hải quan về thủ tục hải quan điện tử đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu thương mại.
Hồ sơ hải quan điện tử bao gồm tờ khai hải quan điện tử và các chứng từ khác thuộc hồ sơ hải quan điện tử là những chứng từ được quy định tại Khoản 1 Điều 22 Luật hải quan mà người khai hải quan phải nộp hoặc xuất trình cho cơ quan Hải quan gồm: tờ khai hải quan; hóa đơn thương mại; hợp đồng mua bán hàng hóa; giấy phép của cơ quan nhà nước có thẩm quyền đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu,
quá cảnh, phương tiện vận tải xuất cảnh, nhập cảnh, quá cảnh mà theo quy định của pháp luật phải có giấy phép. Ngoài ra, người khai hải quan phải nộp hoặc xuất trình các loại giấy tờ đối với từng mặt hàng có yêu cầu các tài liệu theo yêu cầu của luật chuyên ngành.
Nghị định cũng quy định cụ thể thời hạn khai hải quan điện tử đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu thương mại được thực hiện theo quy định tại Khoản 1, Khoản 2 Điều 18 Luật hải quan. Cụ thể: Hàng hoá nhập khẩu được thực hiện trước ngày hàng hoá đến cửa khẩu hoặc trong thời hạn 30 ngày, kể từ ngày hàng hoá đến cửa khẩu; tờ khai hải quan có giá trị làm thủ tục hải quan trong thời hạn 15 ngày, kể từ ngày đăng ký; hàng hoá xuất khẩu được thực hiện chậm nhất là 08 giờ trước khi phương tiện vận tải xuất cảnh.
Nghị định cũng quy định cụ thể quyền và nghĩa vụ của người khai hải quan điện tử; nhiệm vụ, quyền hạn của cơ quan Hải quan, công chức Hải quan; hệ thống xử lý dữ liệu điện tử hải quan; nguyên tắc tiến hành thủ tục hải quan điện tử; việc tiếp nhận, kiểm tra, đăng ký, phân luồng tờ khai hải quan điện tử cũng như việc kiểm tra hồ sơ hải quan điện tử; chuyển cửa khẩu; giám sát hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu thực hiện thủ tục hải quan điện tử.
Nghị định này có hiệu lực thi hành từ ngày 01/01/2013.